关于水果经销商（公司）的开票税率问题，需要结合其纳税人身份和销售的水果类型来确定。
水果经销商（公司）的开票税率主要分为9%、13%和3%（或1%）三种情况，具体取决于纳税人身份和水果属性。

1. 若水果经销商（公司）是一般纳税人且销售的是自产或外购的初级农产品水果（如新鲜苹果、橙子等未加工的水果），适用9%的增值税税率。
2. 若水果经销商（公司）是一般纳税人且销售的是经过深加工的水果制品（如水果罐头、果脯等），适用13%的增值税税率。
3. 若水果经销商（公司）是小规模纳税人，无论销售初级农产品还是深加工水果制品，均适用3%的征收率（疫情期间曾阶段性降至1%，具体以现行政策为准）。
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水果经销商（公司）在开票税率适用过程中，常见的错误操作可能导致税务风险，以下是需要避免的行为：
1. 混淆初级农产品与深加工制品税率：将深加工水果制品（如水果罐头）按9%税率开票，或反之将初级水果按13%税率开票，导致税率适用错误。
2. 小规模纳税人违规适用一般纳税人税率：小规模纳税人错误开具9%或13%税率的发票，未按3%（或1%）征收率开票，违反税务规定。
3. 忽视税收优惠政策变化：如疫情期间小规模纳税人征收率降至1%的政策到期后，仍按1%开票，未及时调整为3%，导致税率适用错误。

若您曾出现上述错误操作，建议尽快向专业律师咨询，避免引发税务处罚。
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水果经销商（公司）的开票税率需依据《中华人民共和国增值税暂行条例》等法规确定，以下结合具体条款分析：
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条规定，纳税人销售“粮食等农产品”适用9%的税率，水果属于农产品范畴，因此一般纳税人销售初级农产品水果时适用9%税率；若销售深加工水果制品（如水果罐头），则属于“货物销售”范畴，适用13%税率。同时，该条例第十二条明确“小规模纳税人增值税征收率为3%，国务院另有规定的除外”，因此小规模纳税人的水果经销商（公司）适用3%征收率。综上，水果经销商（公司）的开票税率需根据其纳税人身份和水果加工情况，分别适用9%、13%或3%（1%）的税率。
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水果经销商（公司）在开票税率适用过程中，可能面临以下法律风险：
1. 补税、滞纳金及罚款风险：若因税率适用错误少缴税款，税务机关可能要求补缴税款，并加收滞纳金（每日万分之五），情节严重的还会处以罚款（税款的50%至5倍）。例如，某水果经销商（公司）将深加工水果罐头按9%税率开票，少缴4%的税款，税务机关查实后要求其补缴税款10万元，并加收滞纳金2万元，罚款5万元。
2. 税务信用等级下降风险：税率适用错误可能影响公司的税务信用等级，导致信用评级降低，进而影响发票领用、银行贷款等经营活动。例如，某水果经销商（公司）因多次税率错误开票，税务信用等级降至D级，被限制领用发票，影响正常业务开展。

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